В некоторых случаях в свежеустановленной системе присутствуют важные пакеты, которые помечены, как автоустановленные, при этом пакетов, которые от них зависят, нет. Первый запуск apt-get autoremove удаляет такие пакеты с соответствующими последствиями. На это, время от времени, наступают новые и не очень новые пользователи. Очередной случай: https://forum.altlinux.org/index.php?topic=49085.msg396839#msg396839 . Надо как-то делать так, чтобы пакеты, установленные в момент инсталляции, не были такому подвержены. Как вариант "apt-mark manual `apt-mark showauto`". Хотя, может быть, более правильно делать apt-mark manual только для тех auto-пакетов, от которых ничего не зависит. Какое-то есть дежавю, что это где-то обсуждалось, но бага найти не могу. Может оно даже уже исправлено в p11, по здесь присутствующей ссылке речь про Simply 10.2.
Такого быть не должно при установке нормальным инсталлятором. Делается apt-get autoremove после удаления пакетов инсталлятора. Конкретно по ошибке на форуме. Она произошла уже после обновления системы, так как распилили пакет python3-module-pygobject3 (очень умно было делать такое в стабильном бранче в конце его жизненного цикла). Пострадало около 70 пакетов. Подробности: https://bugzilla.altlinux.org/52950
