Файл /etc/xdg/menus/applications-gnome-merged/applications.menu, в котором <MergeFile>../applications-alt.menu</MergeFile> - лишний, т.к. это уже есть в /etc/xdg/menus/applications.menu
Быть по сему. В следующей версии gnome-menus этот файл создаваться не будет.
Ах да, и этим займётся новый мейнтейнер.
А кто новый мантейнер?
Я. Файл теперь называется /etc/gnome/xdg/menus/applications-merged/applications.menu , и указанный файл в него уже давно не мерджится, статус бага забыли поменять.