libgd2 слинкован с Иксовыми библиотеками, из-за чего тащит за собой на сервер кучу лишних зависимостей. Вроде была какая-то причина это слинкованности, но какая именно?
$ ldd -u /usr/lib/libgd.so.2 Unused direct dependencies: /usr/lib/libX11.so.6 Очевидно, пакет был собран ещё до введения --as-needed.
Fixed in libgd2-2.0.34-alt1.