Использовал alterator-mkbootflash-0.2-alt1 для создания live образа (из 4.1.1) на 1Гб флешке. Образ залился на первый раздел, но не стал загрузочным. После анализа раздела с образом выяснилось, что у него нет признака boot. Выставил принудительно - флешка стала загрузочной.
Не воспроизводится, думаю исправлено было так: * Mon Dec 24 2007 Anton V. Boyarshinov <boyarsh@altlinux.ru> 0.9-alt1 - copyng MBR, making partition active