При установке/обновлении apt-get выдаёт вот такое: /usr/lib/menu/ocaml: ignore this entry Skipping file because need desktop-file ... /usr/lib/menu/dvdrip: ignore this entry Skipping file because need desktop-file ... /usr/lib/menu/acidrip: ignore this entry Skipping file because need desktop-file ... /usr/lib/menu/gftp: ignore this entry Skipping file because need desktop-file ... /usr/lib/menu/htmldoc: ignore this entry Skipping file because need desktop-file ... Под такие вещи попадает много приложений для X11. Из меню GNOEM исчезла после обновления чуть не треть. Было бы понятно если бы они были консольными.
Вешайте баги на пакеты, которым принадлежат перечисленные файлы