В fcgid.conf присутствует такое: # Use FastCGI to process .fcg .fcgi & .fpl scripts # Don't do this if mod_fastcgi is present, as it will try to do the same thing <IfModule !mod_fcgid.c> AddHandler fcgid-script .fcg .fcgi .fpl Может быть, имелось ввиду <IfModule !mod_fastcgi> ? Кстати, URL в спеке уже нерабочий, теперь оно живёт тут: http://httpd.apache.org/mod_fcgid/ И, может, версию обновить стоит ?
Может, имеет смысл сделать NMU, да и обновить заодно из misha/packages/apache2-mod_fcgid.git ? Обновление mod_fcgid до 2.2-alt2.qa1 перезаписало fcgid.conf и сломало работу collection4. Опять вернул !mod_fastcgi руками.
apache2-mod_fcgid-2.3.9-alt1 -> sisyphus: * Mon Oct 24 2016 Sergey Y. Afonin <asy@altlinux> 2.3.9-alt1 - New version (built for Apache 2.4) - changed "mod_fcgid.c" to "mod_fastcgi" in fcgid.conf (ALT #27554)
