умолчательный стиль doxygen.sty не походит для русского языка: русские ссылки, названия полей классов и т.п. не печатаются в полученном из сгенерованного refman.tex документе. Для решения необходимо в файле doxygen.sty заменить usefont{OT1} на usefont{T2A}