При проверке в Sisyphus и p9 проблем в работе vnstat не замечено. Опция -u выдает ошибку, т.к. способ создания БД изменился. 
Sisyphus:
vnstat-2.10-alt1
vnstat-server-2.10-alt1
p9:
vnstat-2.2-alt1
vnstat-server-2.2-alt1

Проверено на стендах: 
Alt Education 9.2. KDE x86-64
Alt Workstation K 9.2 x86-64
Alt Server 9.2 x86-64
Alt Workstation 9.2 x86-64

Vnstat на данный момент состоит из двух частей: vnstat и vnstatd. Команда vnstat используется для обработки запросов о трафике, а vnstatd отвечает за хранение и обработку данных в БД. Для того, чтобы использовать vnstat, нужно установить оба пакета:

# apt-get install vnstat vnstat-server 

Далее необходимо запустить демон: 

# systemctl enable --now vnstatd
# systemctl start vnstatd
# systemctl status vnstatd

Статус должен высвечиваться как active (running)

После этого vnstat начинает работать. 
Примечание: При первом использовании, если запрос был сделан сразу после запуска демона, появляется ошибка:
# vnstat
Not enough data available yet
Т.к. необходимо время для сбора статистики по трафику. Если по какой-то причине ошибка долгое время не исчезает, можно перезапустить демон:
# systemctl restart vnstatd
После этого ошибка должна исчезнуть.

Дополнительно: 

Если по каким-то причина база данных не создается сама, вручную ее можно создать через vnstatd следующей командой:

# vnstatd --initdb

Если по каким-то причинам необходимый интерфейс не был добавлен в БД, можно использовать следующую команду для отдельного добавления: 

# vnstat --add -i <IfaceName>

Пример использования: # vnstat --add -i eth0

Однако в моем случае БД каждый раз создавалась автоматически после старта демона.