Т.е. при запуске программы, нужно окно выбора и префикса и выбор разрядности wine.
Пакетная база не позволяет иметь одновременно разные разрядности. Префиксы откуда будет брать помимо ~/.wine? И насколько сильно смутит пользователей выбор того, что им непонятно? Насколько помню, playonlinux делает ярлык на нужный префикс.