Есть вопросы к работе применялки редактирования ini файлов. Зачем-то вычищаются все комменты из файла при установке произвольной пары параметр=значение. Почти любой conf это своего рода man по параметрам, их дефолтным состояниям - и вычищать их - это плохо. Предлагаю, либо оставлять комменты на месте (может вообще в конфиге gpupdate гдето определить, что есть коммент - ^(#|;|//) ), либо создавать бэкап файла подвергающегося правке filename.ext.backupYYYY-HH-DD_h-m-s
В этом всегда была и будет дилемма генерации конфигов - "парсить" или "пересоздавать". "Парсить" сложнее в том смысле, что требует больше усилий для реализации и отладки. Это же очевидно. В данном случае, эту задачу предлагаю рассматривать как запрос на улучшение.
Исправлено в версии 0.9.12.3