Вообще говоря, под пользователем nobody в системе не должно работать ничего, а в ФС на устройствах хранения не должно храниться файловых объектов с этими uid и gid.

Сейчас на этапе %triggerin пакет freeipa патчит /etc/openssh/sshd_config, указывая uid nobody для работы /usr/bin/sss_ssh_authorized_keys. Прошу рассмотреть возможность от этого уйти и запускать ту команду под отдельным уидом (не так важно, статическим или динамическим).

Не обижайтесь, пожалуйста, если бага на самом деле должна чиниться в другом пакете; упоминание nobody я нашёл в спеке этого пакета.