При апгрейде этот пакет снёс мне /etc/init.d/halt и /etc/init.d/usb, не сделав backup. --- ---
Это же sysV-скрипты, а не конфигурация. Если их редактировали -- значит, должно было самому и сбэкапить.
The %config option IS set for /etc/rc.d/init.d/halt and /etc/rc.d/init.d/usb