Уже некоторое время испытываю проблему с hasher: если я работаю с удалённым репозиторием, то для файлов из локальных репозиториев (в частности, для репозитория самого hasher, используемого при включённом --with-stuff) apt-get генерирует неправильный локальный путь, а именно, пакет ищется в кэше apt'а, причём в каталоге partial! Исследования привели к сильному подозрению на неверную работу apt с опцией APT::Get::PrintLocalFiles. Во всяком случае, попытка избавиться от использования этой опции (фактически, применение патча из Bug 8121, с которого всё когда-то и началось) привела к восстановлению работы hasher. Изолированные опыты с apt я пока не проводил.
Действительно, APT::Get::PrintLocalFile=yes как-то странно работает с локальными репозиториями.
Fixed in apt-0.5.15cnc6-alt18 + hasher-1.0.28-alt1.