Тестировал menu-method для Fluxbox и во время сравнивания двух сгенерированных
файлов с меню заметил следующее:

-      [exec] (XTerm) {/usr/X11R6/bin/xterm -name XTerm}
</usr/share/icons/xterm-terminal.xpm>
+      [exec] (XTerm) {/usr/bin/xterm@ -name XTerm}
</usr/share/icons/hicolor/16x16/apps/xterm-terminal.xpm>

И как следствие невозможность запустить xterm из меню. Заглянул в menu-файл:

[c0der@rock ~]$ cat /usr/lib/menu/xterm
?package(xterm): needs=X11 section=Terminals title="XTerm" longtitle="The
standard terminal emulator for the X Window System" command="/usr/bin/xterm@
-name XTerm" icon="xterm-terminal.xpm"

Подозреваю, что во время правки путей с /usr/X11R6/bin на /usr/bin была допущена
опечатка...