К примеру нечто похожее на apt'овское /etc/apt/sources.list.d/ - /etc/zabbix/zabbix_agentd.conf.d/
Я бы подумал бы даже в большую сторону. Есть необходимость автоматически (без участия человека) настраивать агента своим способом. Сейчас это делается через кхм... Ставится rpm пакет, который бэкапит старый конфиг, устанавливает свой конфиг с другим именем, и делает симлинк. Есть предложение сделать пакет zabbix-agent-conf с provides zabbix-agent-config, и туда запоковать конфиги. В этом случае я смогу в своем пакете тоже сделать provides zabbix-agent-config, и аккуратно ставить свою конфигурацию.
zabbix_agentd.conf.d уже реализован thresh-ем, пакет с этой feature готовится. Если хочется что-то ещё, следует завести отдельную багу.
1.6.2-alt1.svn.6838