В libruby-devel-1.9.1-alt1.20090727 по сравнению с libruby-devel-1.8.7-alt7 config.h переехал из /usr/include/ruby/1.8/ в /usr/include/ruby/1.9/x86_64-linux-gnu/ruby/ , при том, что подключается из ruby.h он теперь как ruby/config.h. Получается, чтобы собраться с libruby уже недостаточно указать -I/usr/include/ruby/1.9/ (Config::CONFIG['rubyhdrdir']), а нужно ещё и -I/usr/include/ruby/1.9/x86_64-linux-gnu/ (в конфиге не фигурирует). Предлагаю для совместимости со старыми проектами добавить симлинк /usr/include/ruby/1.9/ruby/config.h -> ../x86_64-linux-gnu/ruby/config.h
Чтобы собраться с libruby версии 1.9 надо сунуть в CFLAGS аж целых три каталога: RbConfig::CONFIG['rubyhdrdir'], RbConfig::CONFIG['rubyhdrdir'] + '/ruby/backward' и RbConfig::CONFIG['rubyhdrdir'] + '/' + RbConfig::CONFIG['arch']. "Для совместимости со старыми проектами" нужно отправить патч в апстрим.