ldconfig assumess writable /usr 
Is this wrong? 
 

Какие Ваши предложения? 

ограничиться возможностью таких манипуляций во время
установки пакета, вероятно.
Правило, по которому нельзя рассчитывать на writable /usr,
не я придумал, и озвучивалось оно неоднократно.

please cc to sbolshakov at optifacio dot com for a while

rpm -q --scripts `rpm -qa| grep nvidia_glx` 
Ничего не понял,в чем проблема? 
 

пробема в _сервисе_ nvidia_glx.
Имеючи в fstab ro /usr, он не сработает.
Если считается, что это нормально, давайте на этом и закончим.

Это не нормально,но лучше,чем было (для чайников). 
Если проблема только в том, что кто-то пытается писать в /usr, 
то закончим, если у Вас нет решения.