С ядром ovz-el-2.6.32-alt88.M60P.1 шейпер шейпит больше, чем положено. С ovz-el-2.6.32-alt40.M60P.2 работает правильно. http://lists.altlinux.org/pipermail/devel-kernel/2013-May/007318.html
Похоже, появился ещё один пострадавший: http://forum.altlinux.org/index.php?topic=30856.0
Обновил всё в комплексе до p7 (ага, спустя пару дней после отбранчёвывания p8 ;-) ). Вроде бы, в таком виде шейпер не сломался. iproute2-3.8.0-alt1 kernel-image-std-def-3.14.65-alt0.M70P.1 Закрываю, как wontfix, смысла особо разбираться, наверное, нет с p6.
Кажется, проблема оказалась совсем в другом: https://wiki.gentoo.org/wiki/Traffic_shaping Тут упоминается "ethtool -K $ext tso off gso off gro off". Похоже, дело в этом. И как-то оно перекликается с bug #31196. В p7 bug #29614 у меня не вылез сразу, так как раньше вылезал bug #31196, и я, местами, отключал не только tso, но и gso с gro.