Предлагаю опять убрать вывод "Done." после завершения транзакции, которое даже при успешном её прохождении вызывает вылезание окошка с предупреждением в synaptic. Добавлено при обновлении до 0.5.15cnc6, судя по `git blame apt/apt-pkg/rpm/rpmpm.cc`.