Программа VirtualBox в процессе сборки обращается к заголовочным файлам ядра, в частности использует struct inode из fs.h. Эта часть между 2.6.17 из пакета и 2.6.18 из наших ядер заметно различается.
Насколько я понимаю, Кирилл уже над этим работает.
Сейчас в Сизифе glibc-kernheaders-2.6.18-alt2