Возможно, есть смысл добавить /var/lib/vz в дефолтный /etc/updatedb.conf. Особенно не уверен (локально добавил и "буду посмотреть" -- не во всех контейнерах взведены свои updatedb, но где надо, они есть); поэтому не настаиваю.
Added /var/lib/vz/private and /var/lib/vz/root in 0.2.14-alt1-1-gcabb465
thx