libflashplayer.so помещается в /usr/lib64/browser-plugins, отсутствующий в пути поиска плагинов (как минимум, Конкверор не имеет этого пути в стандартном списке поиска и ожидает плагин в /usr/lib64/browser-plugins-npapi). В результате, флэш-плагин не находится и не работает. При добавлении /usr/lib64/browser-plugins в список поиска браузера работоспособность плагина восстанавливается.
При нажатии "по умолчанию" в модуле настройки этот каталог появляется в стандартном списке