Каталог используется некоторыми пакетами, надо бы его включить в какой-то из пакетов guile
Некоторые пакеты не понимают --with-guiledir= ?
А site разве не в guiledir создаётся ?
И таки да: configure: WARNING: unrecognized options: --without-included-gettext, --with-guiledir
guile18 is no more