xdebug это не php, а zend extention, поэтому его следует прописывать не extension=xdebug.so а zend_extension = "/usr/lib64/php/5.2.13/extensions/xdebug.so" то есть с полным путём.
Исправил, в сизифе уже собралась новая версия 5.2.13.20100205-alt1.2 сам уже не использую этот модуль, да и php вообще, поэтому проверить не где.