Когда в %preun ядра вызывается installkernel --remove в grub.cfg всё равно остаётся удаляемое ядро. Надо вынести обновление grub.cfg в файлтриггер и убрать вызов grum-mkconfig из installkernel.
grub2-1.98-alt13 -> sisyphus: * Fri Jun 04 2010 Vitaly Kuznetsov <vitty@altlinux> 1.98-alt13 - update grub menu in filetrigger (ALT #23332) - fix memtest finding