эта ошибка не связана с тем, что php собран с опцией --disable-opcache.
Неработоспособный opcache наблюдается только на php5-fpm-fcgi и cli

Для cli надо поправить настройку, а вот конфигурацию php5-fpm-fcgi в новой сборке 5.5.21 я переделаю и после этого opcache будет работать и для fpm-fcgi в том числе.

Действительно, неработоспособность была отмечена только для php5-fpm-fcgi.

Исправлено в php5-fpm-fcgi-5.5.21

В php5-fpm-fcgi исправлено, подтверждаю. Теперь не работает в Apache2 через mod_php5 Вот что показывает phpinfo:

Zend OPcache

Opcode Caching	Disabled
Optimization	Disabled
Startup Failed	Opcode Caching is only supported in Apache, ISAPI, FPM, FastCGI and LiteSpeed SAPIs

Веб-сервер - Apache/2.2.24

        static const char *supported_sapis[] = {
                "apache",
                "fastcgi",
                "cli-server",
                "cgi-fcgi",
                "fpm-fcgi",
                "isapi",
                "apache2filter",
                "apache2handler",
                "litespeed",
                NULL
        };
И не будет работать. 
diff -ur apache2-mod_php5-5.3.3.20100722.orig/sapi_apache2.c apache2-mod_php5-5.3.3.20100722/sapi_apache2.c
--- apache2-mod_php5-5.3.3.20100722.orig/sapi_apache2.c 2010-08-16 21:39:51.302629176 +0400
+++ apache2-mod_php5-5.3.3.20100722/sapi_apache2.c      2010-08-16 21:41:10.098687169 +0400
@@ -353,7 +353,7 @@
 }
 
 static sapi_module_struct apache2_sapi_module = {
-       "apache2handler",
+       "apache2-mod_php",
        "Apache 2.0 Handler",
 
        php_apache2_startup,                            /* startup */

Я подумаю как это лучше исправить.

php5-opcache-5.5.21.20150121-alt1.1 -> sisyphus:

* Sun Feb 01 2015 Anton Farygin <rider@altlinux> 5.5.21.20150121-alt1.1
- fixed work with apache2-mod_php5, apache-mod_php5 and php5-cgi sapi (closes: #30496)