В продолжение https://bugzilla.altlinux.org/26574#c5 На форуме (https://forum.altlinux.org/index.php?topic=36926.msg288185#msg288185) приводят пример с Ubuntu, где PHP использует системную таймзону и не ругается, если не задана переменная date.timezone. Может, всё же, оно работает ?
php5-5.6.32-alt1.S1 -> sisyphus: Fri Nov 03 2017 Anton Farygin <rider@altlinux.ru> 5.6.32-alt1.S1 - new version (Fixes: CVE-2016-1283) - switched to the use a system-wide timezone configuration, patch from Debian (closes: #32202)