(В ответ на комментарий №0)
> R-base 3.2.3-alt2:
> R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
> Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
> Platform: i586-alt-linux-gnu (32-bit)
> 
> <skipped>
> 
> [Previously saved workspace restored]
> 
> > chooseCRANmirror()
> Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
>   unsupported URL scheme
> > install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE)
> Warning in install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE) :
>   'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable
> Would you like to use a personal library instead?  (y/n) y
> Would you like to create a personal library
> ~/R/i586-alt-linux-gnu-library/3.2
> to install packages into?  (y/n) y
> Error in install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE) : 
>   This version of R is not set up to install source packages
> If it was installed from an RPM, you may need the R-devel RPM
> >

Установка R-devel снимает проблему. Может быть, сделать зависимость?

Created attachment 6879 [details]
Лог установки Rcmdr

Как выяснилось, установка R-devel проблему не снимает. См. пример приложенного лога попытки установки Rcmdr

Сборка, по всей видимости, не прошла из-за невозможности установить файлы документации: 

Warning in file.create(f.tg) :
  cannot create file '/usr/share/doc/R-3.2/html/packages.html', reason 'No such file or directory'

Но вообще лучше устанавливать пакеты в домашний каталог пользователя (т.е. просто не указывать lib в команде ниже).

> install.packages (c ("Rcmdr"), lib="/usr/lib64/R/library", dependencies=TRUE)

(В ответ на комментарий №4)
> Сборка, по всей видимости, не прошла из-за невозможности установить файлы
> документации: 
> 
> Warning in file.create(f.tg) :
>   cannot create file '/usr/share/doc/R-3.2/html/packages.html', reason 'No such
> file or directory'
> 
> Но вообще лучше устанавливать пакеты в домашний каталог пользователя (т.е.
> просто не указывать lib в команде ниже).
> 
> > install.packages (c ("Rcmdr"), lib="/usr/lib64/R/library", dependencies=TRUE)

Следую рекомендации:
> options (repos= c("http://cran.r-project.org/", "http://cran.r-project.org/", "http://files.kde.org/rkward/R/", "http://files.kde.org/rkward/R/"))
> install.packages (c ("plyr"), lib="/home/khakhaev/R/i586-alt-linux-gnu-library/3.2")

trying URL 'http://cran.r-project.org/src/contrib/plyr_1.8.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 392451 bytes (383 KB)
==================================================
downloaded 383 KB

* installing *source* package ‘plyr’ ...
** package ‘plyr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs

i586-alt-linux-g++ -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/usr/lib/R/library/Rcpp/include"   -fpic  -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=generic -fno-strict-aliasing  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
i586-alt-linux-gcc -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/usr/lib/R/library/Rcpp/include"   -fpic  -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=generic -fno-strict-aliasing  -c loop_apply.c -o loop_apply.o

loop_apply.c: In function ‘loop_apply_’:
loop_apply.c:15:3: error: ‘for’ loop initial declarations are only allowed in C99 mode
loop_apply.c:15:3: note: use option -std=c99 or -std=gnu99 to compile your code
make: *** [loop_apply.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘plyr’
* removing ‘/home/khakhaev/R/i586-alt-linux-gnu-library/3.2/plyr’


The downloaded source packages are in
	‘/tmp/.private/khakhaev/RtmpKM9IiP/downloaded_packages’
> q ()

Warning message:
In install.packages(c("plyr"), lib = "/home/khakhaev/R/i586-alt-linux-gnu-library/3.2") :
  installation of package ‘plyr’ had non-zero exit status

Опять не так?

А как правильно?

Created attachment 7006 [details]
Лог установки пакета radr

Полное представление о всех проблемах дает попытка установки R-Commander (Rcmdr).

Не является ошибкой: проблемы с установкой связаны с отсутствием в системе сборочных зависимостей для устанавливаемых пакетов. При условии установки сборочных зависимостей, сборка R-пакетов и их установка в R проходит без проблем.