Сейчас в ALT Linux версия 2.1.4 от 2009 года. За 7 лет (2.5.3, 2016) в программе появилось несколько новых функций (MBR для KolibriOS, ReactOS, Syslinux GPT, Rufus, Grub4dos, GRUB2, PE). http://www.altlinux.org/index.php?title=%D0%9F%D0%B5%D1%80%D0%B5%D1%83%D1%81%D1%82%D0%B0%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%BA%D0%B0_Windows_MBR&type=revision&diff=41518&oldid=41517 Пожалуйста, обновите утилиту до последней версии. Пригодится для rescue.
Смутно припоминается, что где-то используется при сборке образов, но нагрепать в своих ~/git ничего не удалось. m-p (фича dos) применяет make-freedos-floppy, которое не пользуется ms-sys.
Готово.
(В ответ на комментарий №1) > Смутно припоминается, что где-то используется при сборке образов Раньше ms-sys применялся в инсталлере, но кажется вы это место уже переписали. На всякий случай обновил ms-sys.