При обновлении пакетов, входящих в состав R-base, часть пакетов не собирается. См. прилагаемый лог. Вывод: Нужны зависимости на liblapack (и -devel), libopenblas (и -devel) и libgfortran (и -devel), а также на gcc-fortran-common. Причем в репозитории есть libgfortgran3 (5.3.1) и libgfortran5-devel (но тоже 5.3.1), что вносит путаницу.
Created attachment 7442 [details] Лог обновления имеющихся пакетов R