В rkhunter.conf по умолчанию указан путь "STARTUP_PATHS=/etc/rc.d /etc/rc.d/rc.local". Ввиду отсутствия такого приводит к следующему: # rkhunter -c -sk Invalid STARTUP_PATHS configuration option: Non-existent pathname: /etc/rc.d/rc.local
Испаравьте конфиг под себя. Лучше указать лишнию проверку, чем пропустить возможную опасность