Конечно же, matplotlib-qt4 не должна требовать matplotlib-qt5: $ apt-cache depends python3-module-matplotlib-qt5 python3-module-matplotlib-qt5-2.2.3-alt4:sisyphus+238457.300.3.1@1569956083 ... Требует: python3-module-matplotlib-qt4 = 2.2.3-alt4:sisyphus+238457.300.3.1
python-module-matplotlib-2.2.3-alt5 -> sisyphus: Wed Feb 05 2020 Aleksei Nikiforov <darktemplar@altlinux> 2.2.3-alt5 - Updated interpackage dependencies (Closes: #38030).