Необходимо добавить в пакет директорию /etc/prosody/conf.d/ и строчку Include "conf.d/*.cfg.lua" в prosody.cfg.lua
prosody-0.11.5-alt3 -> sisyphus: Mon Jul 13 2020 Grigory Ustinov <grenka@altlinux> 0.11.5-alt3 - Add possibility of including additional config files (Closes: #38692).