После заведения пользователя домена задание пароля через веб интерфейс альтератора невозможно под этим пользователем залогиниться. Пароль не принимается.
Если пользователя создавать через командную строку (samba-tool), и там задавать пароль и все остальное - все нормально.
Если создавать пользователя через альтератор, а потом в командной строке задавать ему пароль и включать его через samba-tool user enable - всё равно при попытке входа под ним на ПК - не принимает пароль.
Более того, если создать пользователя через командную строку, а потом поменять ему пароль через альтератор - этот пароль не принимается. И тогда только удалять пользователя и заново создавать его через командную строку.
Остальные свойства пользователя меняются нормально. Кроме аватарки. Она не сохраняется.  
Вобщем получается что под созданными в альтераторе пользователями, или под пользователями с измененным через альтератор паролем - в домен не зайти.