Вышла Vkd3d 1.2. Как я понимаю, она нужна для сборки wine 5.18 и выше. https://www.winehq.org/news/2020092201
Проблема оказалась в том, что в репозиторий собран vkd3d из апстримного коммита между версиями vkd3d 1.1 и 1.2. Из-за этого wine в configure находил библиотеки vkd3d, которые появились после релиза 1.1, т.е. в релизе 1.1 их ещё не было, делал предположение что ему доступна релизная версия vkd3d 1.2 и пытался использовать некоторые определения, которые в собранной в репозитории версии vkd3d ещё не оказались. Обновление vkd3d до релизной версии 1.2 проблему исправляет.
vkd3d-1.2-alt1 -> sisyphus: Fri Oct 02 2020 Aleksei Nikiforov <darktemplar@altlinux> 1.2-alt1 - Updated to upstream release version 1.2 (ALT #39002).