Графическая сессия перезапускается в процессе обновления, убивая процесс apt-get с соответствующими последствиями.
Конкретно sddm умирал с сообщением типа "потерял сокет".
Ах да, забыл указать, что это был KDE с SDDM, на других не проверял.
systemd-settings-4-alt1 -> sisyphus: Tue Apr 27 2021 Vitaly Chikunov <vt@altlinux> 4-alt1 - Undo logind restart introduced in 3-alt1 (closes: #40002).