Каталог /run/winbindd упакован как %dir %_samba_piddir/winbindd выше по спеку: %define _samba_piddir /run Каталог /run/ не переживает перезагрузку, поэтому каталога в запущенной системе нет. Необходимо сделать и опакетить %_tmpfilesdir/winbindd.conf, который будет создавать каталог при запуске. По аналогии с %_tmpfilesdir/%rname.conf в этом же спеке.