Created attachment 12392 [details] Скриншот где видна разница в окнах приложений Тема Adwaita-темная в gtk2 приложениях устаревшая и отличается от gtk3
Думаю апстрим adwaita давно не интересует gtk2 тема. Я вообще удивлен, что ее еще не выкинули.