Проверялось в p9 - ошибка воспроизводится
Проверялось в p10 - ошибка не воспроизводится для версии gzip-utils-1.12-alt1

Версия пакета: gzip-utils-1.10-alt1

Тестовые стенда:
* Alt Workstation 9.2 x86-64
* Alt Server 9.2 x86-64
* Alt Education 9.2 x86-64
* Alt Education-kde 9.2 x86-64 
* Alt Workstation K 9.2 x86-64

Шаги для воспроизведения:
1.Установить пакеты gzip и gzip-utils:
apt-get install gzip gzip-utils

2. Создать исполняемый файл, например test.sh , со следующим содержимым: 
#!/bin/sh
echo "Hello"

chmod +x test.sh

3. Сжать созданный файл с использованием gzexe: 
$ gzexe test.sh

4. Запустить полученный самораспаковывающийся исполняемый файл: 
$ ./test.sh

Ожидаемые результат: успешное выполнение команды. Вывод в терминале: Hello

Реальный результат: вывод в терминале: 

gzip: stdin: not in gzip format
Cannot decompress ./test.sh