Не применяются настройки тем, использующих в своей работе тему boost. Причина оказалась в том, что в пакете отсутствует файл /var/www/webapps/moodle/theme/boost/scss/bootstrap/vendor/_rfs.scss. Судя по информации с ресурса packages.altlinux.org при сборке пакета для p10 этот файл отсутствует, но в sisyphus этот файл есть.
Версия moodle 3.11.15-alt2 с файлом /var/www/webapps/moodle/theme/boost/scss/bootstrap/vendor/_rfs.scss скоро появится в p10