Если alien и dpkg установлены вместе с каким-либо приложением через epm play, то они попадают в список autoremove, хотя будут нужны при обновлении приложений:

# epm autoremove
 # apt-mark manual sudo
Чтение списков пакетов... Завершено
Построение дерева зависимостей... Завершено
sudo was already set to manually installed.
 # apt-get autoremove
Чтение списков пакетов... Завершено
Построение дерева зависимостей... Завершено
Calculating Autoremove... Завершено
Следующие пакеты будут УДАЛЕНЫ:
  alien dpkg perl-Digest-SHA perl-Dpkg perl-Time-Piece
0 будет обновлено, 0 новых установлено, 5 пакетов будет удалено и 0 не будет обновлено.
Необходимо получить 0B архивов.
После распаковки будет освобождено 7654kB дискового пространства.
Продолжить? [Y/n]

Возможно, попадание в список autoremove имеет смысл, когда ранее установленные приложения удаляются и не остается ни одного приложения, поставленного через epm play. Хотя... Есть же еще epm repack с установкой вручную. То есть тому, кто хоть раз воспользовался epm play или epm repack, получается, alien и dpkg нужны, и удаляться через autoremove они не должны.