Файлы /etc/issue.d/00alt.issue и /etc/issue.d/00server.issue не являются конфигами поэтому могут перезаписаться при обновлении системы. Традиционно предполагается, что файлы в /etc конфиги и администратор может их редактировать. Может быть стоит их сделать %config(noreplace).
alt-issue-1.2-alt1 -> sisyphus: Fri Feb 09 2024 Andrew A. Vasilyev <andy@altlinux> 1.2-alt1 - mark all files as config (ALT #49291)
Спасибо.