$ pkg-config --cflags --libs eigen3 -Iinclude/eigen3 Должно быть: -I/usr/include/eigen3 С текущим pkgconfig сборка не возможна без дополнительных патчей к собираемому софту.
eigen3-3.4.0-alt3 -> sisyphus: Fri Mar 28 2025 Andrey Cherepanov <cas@altlinux> 3.4.0-alt3 - Fixed path to includes in pkgconfig file (ALT #53643).