в конфиге есть строки для логов анонимусов
#  ExtendedLog          /var/log/proftpd/access.log WRITE,READ default
#  ExtendedLog          /var/log/proftpd/auth.log AUTH auth
если их раскомментировать, то в сислог идут ошибки
ExtendedLog '/var/log/proftpd/access.log' uses unknown format nickname 'default'
ExtendedLog '/var/log/proftpd/auth.log' uses unknown format nickname 'auth'
и соответственно логи не записываются.

надо убрать default и auth в этих строчках (тогда proftpd бедет использовать
предопределенные форматы записи)
или же определить формат default и auth с помощью LogFormat