Мне тоже хочется.

См. http://cvsweb.openwall.com/cgi/cvsweb.cgi/~checkout~/Owl/doc/TODO на тему
pam_passwdqc:
"Support an external configuration file where settings common to uses
of the module by several services could reside"

Последовательность изменений мне видится такой:
1. Добавить в перечень поддерживаемых параметров pam_passwdqc чтение настроек из
конфигурационного файла.
2. Вынести настройки pam_passwdqc из /etc/pam.d/* в отдельный конфигурационный
файл.
3. Написать утилитку passwdqc для формирования пароля согласно настройкам в
конфигурационном файле [и параметрам командной строки].
4. Сформировать разделяемую библиотеку libpasswdqc для обслуживания pam_passwdqc
 и passwdqc.

Какие будут замечания?

Замечаний нет ;)

Implemented 3)4) in 1.1.0