Сообщение про /var/lib/apt/lists//lock ни на что не влияет.
Если очень раздражает, то надо перевесить на пакет hasher.

Дальше процесс идёт с кучей ругани:
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/l/linux-m':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/l/linux':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/a/ansi':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/v/vt100':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/v/vt102':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/v/vt52':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/v/vt320':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/v/vt220':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/s/sun':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/s/screen-w':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/s/screen':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/s/screen-bce':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/r/rxvt-basic':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/r/rxvt':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/r/rxvt-m':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/E/Eterm':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/d/dumb':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/x/xterm-color':
Permission denied
rm: cannot remove
`/var/lib/vz/template/tmp/vecache.RWwE23375/chroot/lib/terminfo/x/xterm-xfree86':
Permission denied
rm: cannot remove 

раздражает не это, а вот ругань и сообщение про altlinux-3.0, который никто не
заказывал.

сообщение про lock наверное тоже надо убрать, но меня беспокоит больше
altlinux-3.0 и ругань, которую я описал в предыдущем сообщении.

Воспроизводится это тривиально:

создаём template, говорим create, наблюдаем надпись permission denied в течении
нескольких минут, думаем что ошибка, нажимаем return, запускаем под тем же
именем создание темплейта заново.

После этого полный ступор и configd падает.

Я же говорил что нужно ставить блокировки.

Какая версия ve-build-scripts используется?

Текущий Sisyphus.
$rpm -q ve-build-scripts
ve-build-scripts-0.0.1-alt2.1

(In reply to comment #6)
> Я же говорил что нужно ставить блокировки.

Это как раз несложно. Fixed in 0.3-alt2

Очень похоже на попытку одновременного создания двух шаблонов. Получается именно
такой вывод.. В такой ситуации (попытка одновременного создания шаблона) надо
выдавать более понятное сообщение об ошибке.

Хмм.. у меня оказывается только alt1

Нет нового пакета в Sisyphus. Константин, выложите пожалуйста.

Пакет уже в сизифе.

Ненужная ругань про /var/lib/apt/lists//lock убрана в hasher-1.2.3-alt1.