Подтверждаю, сам споткнулся. Виталий, давно бы уже исправили ошибку и закрыли.

Да, сам сегодня наткнулся. Только кодировку (koi -> koi8-r) вроде как надо 
менять в lib/language, причём до сборки.

fixed in lyx-1.5.0-alt3.rc1

Пытаюсь сконвертировать образец из пакета lyx-gost-koi8-r:

$ /usr/share/lyx/lyx2lyx/lyx2lyx GOST-koi8-r.lyx

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/share/lyx/lyx2lyx/lyx2lyx", line 101, in ?
    sys.exit(main(sys.argv))
  File "/usr/share/lyx/lyx2lyx/lyx2lyx", line 95, in main
    file.write()
  File "/usr/share/lyx/lyx2lyx/LyX.py", line 278, in write
    self.output.write(line.encode(self.encoding)+"\n")
UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xee in position 14: 
ordinal not in range(128)

Ошибки не нашёл :(

ошибку нашел и замучил в lyx-1.5.2-alt2

Всё равно ошибка:

$ /usr/share/lyx/lyx2lyx/lyx2lyx /usr/share/lyx/templates/GOST-koi8-r.lyx

File "/usr/share/lyx/lyx2lyx/LyX.py", line 278, in write
    self.output.write(line.encode(self.encoding)+"\n")
UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xee in position 14: 
ordinal not in range(128)

$ rpm -q lyx
lyx-1.5.2-alt2

а дайте grep types LyX.py ?

пусто
$ grep types /usr/share/lyx/lyx2lyx/LyX.py
[lav@lav ~]$     

Уппс. Нашел. Я тег в гите подвинул а проапдейтить сие в master забыл. Так. тут
другая фигня вылезла. Этот же LyX.py используется при генерации доков. Причем
там используется класс NewFile(LyX_Base). Проблема в том что в этом случае у
него нет self.inputencoding. Я вижу тут только один выход. Переопределить
функцию write (на который затык при сборке toc) в класе NewFile к
первоначальному виду.

пробуем alt3 Однако :-\

Спасибо огромное. Работает!