В консоли эффект от правого ctrl есть, а в иксах -- нету. Прописано, вроде бы,
всё правильно..

что прописано?

-layout us,ru
-option grp:ctrl_toggle,grp:switch,compose:menu
-variant ,winkeys

# grep ctrl_toggle /usr/share/X11/xkb/rules/base
  grp:lctrl_toggle      =       +group(lctrl_toggle)
  grp:rctrl_toggle      =       +group(rctrl_toggle)

ctrl_toggle не существует

Это не сложно исправить, но вот кому? :-)

это в альтераторе надо исправить, если в консоле оно правый контрол, то в 
иксовом конфиге должно быть rctrl_toggle

Агга, спасибо!

так на кого перевесить багу?

на меня

исправил