Как следствие, при, допустим, mkfs.vfat , так и остается с меткой linux . Даже
не знаю на что вешать: на fdisk , или на mkfs.vfat

Это не баг а фича.
Для того, чтобы поменять тип раздела, есть специальная операция.

т.е. mkfs для этого не преднозначен???

mkfs предназначен для создания файловой системы.
Объект, на котором создаётся файловая система, строго говоря,
не обязан быть блочным устройством, и тем более не обязан быть разделом.

Изменить тип раздела можно с помощью того же fdisk'а.

Это я понимаю, но что если я создаю партицию для другой ОС, и еще пока не знаю
какая там будет ФС? для примера я создал разделы, потом слил с образа туда
винду, при перезагрузке мне сообщается что диск не читается, а альтовый fdisk
продолжает говорить что там Linux fs хотя я туда заливал NTFS.

Ндя что то меня переклинило, почему то подумалось что тип fs определяется
утилитой mkfs