Дальнейшие разборки показали следующее.

alterator-xkb сделал мне файл /etc/X11/xinit/Xkbmap следующего содержания:

-model pc105 -option grp:lwin_toggle -layout "us,ru(winkeys)"

Посмотрев, как это выглядит на соседнем компе, где я ничего не менял после
установки, я привёл этот файл к следующему виду:

-layout us,ru
-option grp:lwin_toggle,grp:rwin_switch,compose:menu
-variant ,winkeys

С такими настройками kkbswitch стал нормально рисовать в трее флажок и код языка.

В дополнение, я не нашёл, как через альтератор добавить, например, grp:switch,
или как у меня тут grp:rwin_switch. Смысла в таком конфигураторе я не вижу, если
всё равно приходится лезть в конфигурационный файл руками и править уже там.

Данные строчки эквивалентны, за исключением compose:menu. В xkb допустимы оба
варианта записи (с ипользованием XkbVariant и без оного).

Столь не любимый вами конфигуратор ничего противозаконного не сделал.
Разбирайтесь с kkbswitch.

Смена раскладки делается через setxkbmap `cat /etc/X11/xinit/Xkbmap`. Попробуйте
найти закономерность.

(In reply to comment #2)
> Данные строчки эквивалентны, за исключением compose:menu.

А также grp:rwin_switch.

> В xkb допустимы оба
> варианта записи (с ипользованием XkbVariant и без оного).
> Столь не любимый вами конфигуратор ничего противозаконного не сделал.

Я не утверждал, что сгенерированная строка неверна, ведь сами-то X'ы раскладку
переключают.

Также не утверждал, что он мною не любим. Просто он помоему не обеспечивает
минимально необходимого функционала (не добавляет grp:rwin_switch или grp:switch
в дополнение к grp:lwin_toggle). Или я не нешёл как это сделать (тогда это
сделано недостаточно прозрачно).

> Разбирайтесь с kkbswitch.

Можно было бы тогда и перевесить на него, раз уж считаете, что альтератор не
виноват.

> Смена раскладки делается через setxkbmap `cat /etc/X11/xinit/Xkbmap`. 
> Попробуйте найти закономерность.

Я знаю. Будет время поиграюсь с вариантами. Но было бы лучше, если бы кто-то
более квалифицированный (нежели я) в этих делах проверил бы.

(In reply to comment #2)
> Разбирайтесь с kkbswitch.
> Смена раскладки делается через setxkbmap `cat /etc/X11/xinit/Xkbmap`. 
> Попробуйте найти закономерность.

Я поразбирался и обнаружил, что если не ставить кавычки вокруг us,ru(winkeys),
то kkbswitch нормально показывает код языка. Если же написать так, как пишет
альетатор, т.е. "us,ru(winkeys)", то вместо кода английского языка в kkbswitch
возникает единичка.

А что может сказать мантейнер kde?

(In reply to comment #5)
> А что может сказать мантейнер kde?
Что у него перестало воспроизводиться.
Возможно, связано с ошибками xml-файла описаний клавиатур.
Т.е. у меня сейчас 1-ка показывается только когда удаляю все раскладки и жму 
применить.

Вроде бы в 4.0.2 у меня не наблюдается. По сему закрываю.